[Clinical AI Coding 100 : C38] 育てたAIを実世界へ!モデルの保存と推論(デプロイ)の第一歩

Notebookの「外」へ踏み出すとき

これまで私たちは、データの収集から始まり、丹念な前処理、モデルアーキテクチャの設計、そして学習という長い旅路を歩んできました。手元のJupyter Notebookの中で、あなたのモデルは高い精度(Accuracy)やAUCを叩き出し、素晴らしい性能を示しているかもしれません。画面上の数値を見て、大きな達成感を感じていることでしょう。

しかし、ここで冷厳な事実をお伝えしなければなりません。「Notebookの中にいるAIは、まだ誰の命も救っていない」ということです。

研究室や個人のPCという閉じた環境(実験室)で生まれたAIモデルを、実際の医療現場やWebアプリケーションとして使える形に変換し、設置・運用することを「デプロイ(Deployment)」と呼びます (He et al. 2019)。

これを医療者のキャリアに例えるならば、医学知識を学び(学習)、医師国家試験に合格して高いスコアを出した(高精度なモデル評価)だけの状態から、実際の病院に配属され、目の前の患者さんを診察できる状態(臨床現場への配置)になるプロセスに似ています。試験で満点を取れても、現場にいなければ患者を救えないのと同じく、AIもデプロイされなければ価値を生み出しません。

今回は、あなたが手塩にかけて育てたAIモデルを「保存(シリアライズ)」していつでも呼び出せる状態にし、さらに Web API として外部の電子カルテシステムやビューワから利用可能にするための技術的基盤を解説します。これは、研究を社会実装へと繋ぐための、エンジニアリングの第一歩です。


目次

1. モデルの「保存」と「復元」:シリアライズの作法

AIモデルの学習には、数時間から数週間という長い時間と、大量の計算リソース(電気代やGPUパワー)が必要です。苦労して学習させた「賢いAI」も、コンピュータの電源を切ったり、プログラムを終了したりすれば、その瞬間にメモリ上から消え去ってしまいます。これは、研修医が数年かけて学んだ知識を、一晩寝たらすべて忘れてしまうようなものです。

そこで必要となるのが、学習によって最適化された膨大な数の「パラメータ(重みとバイアス)」を、永続的なファイルとして書き出す処理です。これをプログラミング用語でシリアライズ(直列化)と呼びます。シリアライズによって、AIの「記憶」を凍結保存し、必要な時にいつでも解凍して、学習を再開したり、推論(診断)に使ったりすることが可能になります。

1.1 state_dict:AIの「記憶」だけを抽出する

PyTorchにおいて、モデルを保存する方法は大きく分けて2つあります。

  1. モデル全体(アーキテクチャ+パラメータ)を保存する
  2. パラメータ(state_dict)のみを保存する【推奨】
PyTorch モデル保存のベストプラクティス 推奨されるのは「パラメータのみ」の保存。その理由と構造を理解する。 方法①:モデル全体を保存 (Architecture + Params) 🥒 推奨されません • pickle機能に依存 (Dependency Hell) • ディレクトリ構成が変わると読込不可 • リファクタリングに弱い 方法②:パラメータのみ保存 (state_dict) 公式推奨 (Recommended) • 移植性が高く、環境に依存しない • コード修正後もパラメータを再利用可 • 「脳の構造」と「記憶」を分離 MENTAL MODEL 脳の構造 (Structure) Class Definition (Code) 設計図・器 (Empty) load_state_dict 記憶 (Memory) state_dict (File) .pth / .pt 学習した知識・重み

なぜ「パラメータのみ」が推奨されるのか?

公式ドキュメントや多くのエキスパートが推奨するのは、2番目の「パラメータのみ」を保存する方法です (Paszke et al. 2019)。
1番目の「モデル全体」を保存する方法(Pythonの pickle 機能を使用)は、手軽に見えますが、特定のディレクトリ構成やクラス定義に強く依存します。もし、将来的にファイル構成を変えたり、コードをリファクタリング(整理)したりすると、「モデルの読み込みができない」という致命的なエラー(依存関係の地獄)に陥るリスクが高まるからです。

脳の「構造」と「記憶」の分離

ここで、state_dict(ステート・ディクト) の概念を理解するために、脳の構造と記憶の関係に例えてみましょう。

  • モデルのクラス定義(コード)
    これは「脳の解剖学的構造」にあたります。海馬があり、前頭葉があり、視神経がつながっている……という「器」としての設計図です。これはプログラムコード(.pyファイル)として存在します。
  • state_dict(パラメータ)
    これは「シナプスの結合強度リスト(記憶・スキル)」にあたります。学習によって強化されたニューロン間のつながりの強さであり、ここに「知識」が宿っています。Pythonでは「層の名前」と「パラメータの数値」が対になった辞書型(Key-Value)データとして扱われます。

推奨される保存方法は、「脳の構造(コード)」は保存せず、「記憶(state_dict)」だけをファイルに書き出すやり方です。復元する際は、コードから「空っぽの脳(初期化されたモデル)」を生成し、そこにファイルから読み込んだ「記憶(パラメータ)」を注入します。これにより、環境が変わっても、同じ構造の脳さえ用意できれば、知識を完全に再現できるのです。

1.2 拡張子:.pt.pth

保存するファイルの拡張子には、慣習として .pt または .pth が使われます。
技術的にはどちらを使っても機能に違いはありませんが、チーム開発やプロジェクト管理の観点からは、どちらかに統一しておくことが重要です。これらは「PyTorchの重みファイルである」ことを人間が識別するためのラベルのようなものです。


2. 学習モードと推論モード:model.eval() の重要性

モデルをロードし、いざ患者さんのデータを入力して診断(推論)を行わせる際、初学者が最も陥りやすく、かつ重大な医療ミスに繋がりかねない罠があります。それは、「学習モード(Training Mode)のまま推論してしまう」ことです。

PyTorchなどのディープラーニングフレームワークでは、モデルに明確な「モード」が存在します。

  • model.train():学習モード(デフォルト)。訓練データを使って自分自身を更新する状態。
  • model.eval():推論(評価)モード。学習を止め、固定された能力でテストや実運用を行う状態。

なぜわざわざ切り替える必要があるのでしょうか? 「学習を止める(勾配計算をしない)」だけなら torch.no_grad() だけで良さそうに見えます。しかし、実はニューラルネットワークの一部の層は、学習時と推論時で「挙動そのもの」が全く異なるのです。代表的なのが DropoutBatch Normalization です (Ioffe & Szegedy 2015; Srivastava et al. 2014)。

Dropout:間引き学習 vs 総力戦

  • 学習時(Train):過学習を防ぐため、ランダムにニューロンを「無効化(ドロップアウト)」しながら学習します。これは、あえて一部の記憶を封じて、残りの脳細胞だけで判断させるトレーニングのようなものです。
  • 推論時(Eval):すべてのニューロンを有効にし、学習した重みをスケーリングして「総力戦」で予測を行います。

もし学習モードのまま推論すると、ランダムにニューロンが休止するため、同じ画像を入力しても毎回違う診断結果が出るという恐ろしい事態になります。

Batch Normalization:その場の統計 vs 全体の経験

  • 学習時(Train):入力されたミニバッチ(少数のデータ群)ごとの平均と分散を使って正規化します。
  • 推論時(Eval):学習プロセス全体を通じて蓄積・計算しておいた「移動平均(Running Statistics)」を使います。

推論時はデータが1件(バッチサイズ1)で来ることもあります。そのたった1件の統計量を使って正規化してしまうと、データが極端に歪んでしまい、精度が著しく低下します。

医師に例えるなら

model.eval() を忘れることは、医師が「まだ研修中の気分のまま(答えをあてずっぽうで隠したりしながら)」患者さんを診察するようなものです。診察(推論)の現場では、持てる知識をフル活用し、一貫性のある判断を下す必要があります。そのためのスイッチが model.eval() なのです。


3. AIの共通言語:ONNXによる相互運用性

Pythonの壁を越えるには

あなたがPythonとPyTorchで開発した素晴らしいAIモデル。これを「実際の医療現場で使いたい」となったとき、大きな壁にぶつかることがあります。
例えば、手術室にある医療機器はC++で制御されているかもしれませんし、医師が回診で使うのはiPhone(iOSアプリ)かもしれません。あるいは、インストール不要なWebブラウザ上で動かしたいという要望もあるでしょう。

これらの環境すべてに、PythonやPyTorchの重厚なライブラリをインストールするのは、容量や計算リソース、セキュリティの観点から現実的ではありません。
「Python環境がないと動かない」という制約は、AIの実用化において大きな足かせとなります。

ONNX:AI界の「エスペラント語」

そこで登場するのが、ONNX(Open Neural Network Exchange:オニキス) です (Bai et al. 2019)。
ONNXは、ディープラーニングモデルを表現するための、フレームワークに依存しないオープンな共通フォーマットです。

これを言語に例えてみましょう。

  • PyTorch: 日本語で書かれた医学書
  • TensorFlow: 英語で書かれた医学書
  • C++ / iOS / Web: 読者が住んでいる様々な国

PyTorch(日本語)で書かれたモデルを、そのままではC++(ドイツ語圏)の環境で読むことはできません。そこで、モデルを一度 ONNX(世界共通のエスペラント語) に翻訳(変換)します。
一度ONNX形式にしてしまえば、C++だろうが、iPhoneだろうが、Webブラウザだろうが、「ONNX Runtime」 という共通の翻訳機(推論エンジン)さえあれば、どこでもそのモデルを読み込んで動かせるようになるのです。

ONNXを使う2つのメリット

  1. 相互運用性(Interoperability):
    特定のプログラミング言語やフレームワークに縛られず、モデルを広く配布・利用することが可能になります。「PyTorchで作って、iPhoneで動かす」といったクロスプラットフォームな開発が容易になります。
  2. 高速化(Optimization):
    ONNXモデルを動かすためのエンジンである ONNX Runtime は、ハードウェア(CPU、GPUなど)に合わせて計算処理を高度に最適化してくれます。そのため、PyTorchでそのまま動かすよりも、ONNXに変換して動かしたほうが、推論速度が速くなるケースが多くあります。

このように、ONNXはあなたのモデルを「研究室のPython環境」から解き放ち、世界中のあらゆるデバイスへ届けるための「パスポート」の役割を果たします。

3.1 「どこで動かすか」で、最適解は分岐する(ONNX / Core ML / TensorRT)

ここまでで、ONNXが「研究室のPython環境」からモデルを解き放つ“パスポート”になる話をしました。
ただし2026年の実務では、パスポート(ONNX)を取ったあとに、目的地に合わせて“最終便”を選ぶ、という考え方が一般的になっています。

  • iPhone / iPad(Apple端末)に届けたいなら:Core ML
  • GPUサーバで限界まで速く回したいなら:TensorRT(/ TensorRT-LLM)
  • 医療機器・エッジ・CPU中心で堅牢に運用したいなら:ONNX Runtime

つまり、ONNXは「万能な最終形」ではなく、多くの現場で“分岐点(中間表現)”として機能しているのです。

ONNX Deployment Workflow (2026) パスポート(中間表現)を取得し、最適な最終便へ乗り換える 🔥 PyTorch 研究室・開発環境 Training Ground Export THE PASSPORT ONNX Common Format 🚀 TensorRT / -LLM NVIDIA GPU 最速化 Server / Cloud AI 🏥 ONNX Runtime 医療機器・エッジ・CPU Stability / Universal 🍎 Core ML iPhone / iPad / Mac Apple Neural Engine
  • Core ML:Appleが提供する端末内推論の基盤。coremltools により学習済みモデルをCore ML形式に変換し、Xcodeに組み込むのが王道です。
  • TensorRT:NVIDIA GPU上の推論最適化に特化したエンジン。特に大規模モデル推論では、LLM向けに最適化されたレイヤーである TensorRT-LLM が存在感を増しています。

3.2 規制・長期保守の観点で、ONNXが“強い”理由

医療AIは、一般のWebサービスと違い「作って終わり」になりません。
むしろ本番に入ってからが長い。5年、10年と“同じモデルを同じ振る舞いで”動かし続ける局面が普通にあります。

このとき現場で問題になるのが以下の点です。

  • Python本体や依存ライブラリの寿命
  • PyTorchのバージョン差分による微妙な挙動変化
  • CUDAやOS更新による影響
  • “誰が保守するのか問題”(開発者が異動・退職しても回る体制)

ONNX(+ONNX Runtime)を採用すると、少なくとも「研究コードの寿命問題」を切り離せます。
つまり、モデル成果物(ONNX)と実行基盤(Runtime)を分離でき、運用では「成果物としてのモデル」を中心に据えやすいのです。

加えて、ONNX Runtimeはモバイルや各種プラットフォーム向けの配布も整っており、実装・運用の現実解として採られやすい状況が続いています(例:iOS/Android要件の明示など)。
この「分離できる」という性質は、医療の文脈ではそのまま以下のようなメリットにつながり、“規制や監査に耐える設計”に寄与します。

  • 変更管理(何を変えたのか説明しやすい)
  • 再現性(同じ入力→同じ出力を担保しやすい)
  • 長期保守(フレームワーク更新の波を受けにくい)
医療AIの「長期保守」と ONNX の役割 研究コードの寿命問題を切り離し、監査に耐える「不変のモデル」を作る 課題:時間の経過による劣化リスク Python Version EOL PyTorch Update Diff CUDA / Driver Mismatch 開発担当者の退職・異動 ⚠️ 運用5年目:「動かなくなる」恐怖 環境依存が強く、再現性の維持が困難 DECOUPLING ONNX 解決:モデルと実行基盤の分離 Model Artifact (ONNX: Frozen Graph) ONNX Runtime (Execution) 📋 変更管理 (Traceability) 「何を変えたか」が明確 🔄 再現性 (Reproducibility) いつ実行しても同じ結果 ✓ 規制・監査対応への寄与

3.3 LLM時代におけるONNXの現在地(主役ではないが、重要度は増えている)

では、ChatGPT以降のLLM時代に、ONNXはどうなったのでしょうか?
結論から言うと以下のようになります。

  1. LLM“本体”の最速実行では主役とは限らない
    CUDA最適化や専用カーネルが効く世界が強く、特に最新GPUの最前線ではONNX以外の選択肢が優位なケースがあります。
  2. 「端末内」や「クロスプラットフォーム」では強い
    「端末内でLLMを動かす」「異なるOS間で同じ推論ループを回す」という要求に対し、ONNX Runtime側も生成AI向けの拡張(ORT GenAI)を前面に出しています。

さらに重要なのは、医療プロダクトの多くが “LLM単体”では完結しないことです。

  • 画像・波形・検査値から特徴量を作る前段(ここはONNXが強い)
  • LLMの出力を安全に整形・制御する後段(ガードレール)
  • オフライン環境・院内閉域網・端末内推論などの制約

こうした「周辺の確実な部品」が増えるほど、ONNXは “医療AIの信頼できる部品規格” として価値が上がります。
また、Webブラウザ上での推論(患者説明ツール、院内端末の簡易UIなど)も現実的になってきており、ONNX Runtime WebはWebGPU実行プロバイダを公式にドキュメント化しています。

LLM時代の ONNX の現在地 「主役」ではないが、医療AIシステム全体を支える「不可欠な基盤」へ MEDICAL AI PIPELINE PRE-PROCESSING 🖼️ 📈 特徴量抽出 画像解析 / 波形処理 ONNX 独壇場 LLM / GENERATIVE AI 🧠✨ 推論・生成 Llama / Mistral / BioGPT TensorRT / ORT GenAI POST-PROCESSING 🛡️ 🏥 ガードレール ハルシネーション抑制 / 整形 ONNX 独壇場 実行環境の拡大 (Web & Edge) 🌐 Web Browser Inference ONNX Runtime Web + WebGPU 院内端末・患者用タブレットでの安全なローカル実行 📱 On-Device / Edge Cross-Platform Runtime 閉域網・オフライン環境での医療機器組み込み 結論:医療AIは「LLM単体」では動かない。周辺部品の規格化にONNXが必須。

4. 世界への窓口:FastAPIによるAPI化

モデルを「サービス」に変える技術

モデルを保存し、推論できる準備が整いました。しかし、このままではそのAIは、あなたのPCの中に閉じ込められたままです。
これを実際の医療現場で使えるようにするには、「外部からのリクエストを受け付け、診断結果を返す」という仕組みが必要です。そのための標準的な手法が、Web API(Application Programming Interface) の構築です。

Web API化することで、あなたのモデルは「ローカル環境のPythonプログラム」から、「ネットワークを通じてどこからでもアクセスできる診断支援サーバー」へと進化します。例えば、電子カルテシステムから患者データを投げれば、瞬時にAIが推論結果を投げ返す、といった連携が可能になります。

FastAPI:現代の標準

現在、PythonでAIモデルのAPIを作る際、最も人気があり、事実上の標準として推奨されるライブラリが FastAPI です (Ramírez 2018)。
以前は Flask や Django が主流でしたが、FastAPIは以下の特徴により、AI開発の現場で急速に普及しました。

FastAPI:AI開発の現代標準 高速・安全・自己文書化を備えた「次世代の受付窓口」 👤 リクエスト FastAPI (API) 高速性 非同期処理 (Async) Node.js/Goに 匹敵する速度 🛡️ 型安全性 Powered by Pydantic 入力チェック 年齢: 数値OK 必須項目: OK 📘 Docs生成 Swagger UI / ReDoc コードを書くと 説明書が完成 🧠 AIモデル なぜ Flask / Django から移行が進むのか? 「手動での型チェック」や「API仕様書の別管理」が不要になり、開発効率が劇的に向上するため
  1. 高速性(High Performance):
    非同期処理(Asynchronous processing)をネイティブにサポートしており、Node.jsやGo言語に匹敵する非常に高いパフォーマンスを誇ります。大量のリクエストをさばく必要のある実運用環境では大きな強みとなります。
  2. 堅牢な型安全性(Type Safety):
    Pythonの型ヒント(Type Hints)と Pydantic というライブラリを活用し、入力データのバリデーション(検証)を自動で行います。
    医療データにおいて、「年齢(数値)」が入るべきところに「氏名(文字列)」が入ったり、「必須の検査値」が欠けていたりすることは許されません。FastAPIはこうした不正なデータを入り口で弾き、エラーとして報告してくれるため、堅牢なシステムを構築できます。
  3. 自動ドキュメント生成(Automatic Documentation):
    コードを書くだけで、APIの仕様書(Swagger UI / ReDoc)が自動生成されます。これにより、フロントエンドエンジニアや他のシステム担当者との連携が劇的にスムーズになります。「どのようなデータを送ればよいか」がひと目で分かる説明書が、勝手に出来上がるのです。

FastAPIは、あなたが作ったAIという「専門医」のために、受付窓口(API)と、患者データのチェック係(バリデーション)、そして診療案内(ドキュメント)を一度に用意してくれる強力なツールと言えるでしょう。


まとめ:研究から実用への架け橋

AIモデルをファイルとして保存し、model.eval() で正しい「医師モード」に切り替え、APIを通じて外部と対話させる。これらは、あなたの作り上げた知能を、閉じた実験室から現実世界へと解き放つための不可欠な手続きです。

しかし、デプロイはゴールではありません。実運用が始まれば、モデルの精度が時間とともに劣化していないか監視したり(ドリフト検知)、セキュリティを担保したりといった MLOps(Machine Learning Operations) の課題が待っています。

次回は、より堅牢で保守性の高いコードを書くための「Pythonプロの作法」について深掘りしていきます。

参考文献

  • Bai, J. et al. (2019). ONNX: Open Neural Network Exchange. GitHub.
  • He, J. et al. (2019). The practical implementation of artificial intelligence technologies in medicine. Nature Medicine, 25(1), pp.30–36.
  • Ioffe, S. and Szegedy, C. (2015). Batch Normalization: Accelerating Deep Network Training by Reducing Internal Covariate Shift. Proceedings of the 32nd International Conference on Machine Learning, 37, pp.448–456.
  • Paszke, A. et al. (2019). PyTorch: An Imperative Style, High-Performance Deep Learning Library. Advances in Neural Information Processing Systems, 32.
  • Ramírez, S. (2018). FastAPI. GitHub.
  • Srivastava, N. et al. (2014). Dropout: A Simple Way to Prevent Neural Networks from Overfitting. Journal of Machine Learning Research, 15, pp.1929–1958.

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この記事を書いた人

医師・医学博士・AI研究者・連続起業家
元厚生労働省幹部・ハーバード大学理学修士・ケンブリッジ大学MBA・コロンビア大学行政修士(経済)
岡山大学医学部卒業後、内科・地域医療に従事。厚生労働省で複数室長(医療情報・救急災害・国際展開等)を歴任し、内閣官房・内閣府・文部科学省でも医療政策に携わる。
退官後は、日本大手IT企業や英国VCで新規事業開発・投資を担当し、複数の医療スタートアップを創業。現在は医療AI・デジタル医療機器の開発に取り組むとともに、東京都港区で内科クリニックを開業。
複数大学で教授として教育・研究活動に従事し、医療関係者向け医療AIラボ「Medical AI Nexus」、医療メディア「The Health Choice | 健康の選択」を主宰。
ケンブリッジ大学Associate・社会医学系指導医・専門医・The Royal Society of Medicine Fellow

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